以前DELの総説的なウェビナーがあるということを教えてもらったのですが、遅ればせながら見てみました。ウェビナー自体は2021年にNIH主催で開催されたもので、動画のアーカイブが公開されています。二年ほど前の内容になりますが、分野の第一人者や経験豊富…

論文や特許に記載されている、パブリックなデータを使って何らかの検証やソフトウェアのデモなどを行いことがあるかと思います。私自身も先日そのような状況に遭遇し、とある文献をピックアップしました。SAR表に書かれている構造式を全て書き起こすのは流石…

前回までの記事では、eDESIGNERというオープンソースのツールを使って、DELのデザインを行ってきました。しかし、実際にデザインしたDELにどのような構造の化合物が含まれているかは確認できていませんでした。一つのDELでも数千万〜数億の構造を含むことも…

前回まででeDESIGNERのメインの機能は使い終わりましたが、全スクリプトの半分ほどしか使っていませんでした。他のスクリプトはどんな機能があるのか見ていきましょう。 e_bb_retriever.py sample_generator.py bbt_analyzer.py lib_bb_analyzer.py incompat…

前回までに引き続き、オープンソースのDELツールであるeDESIGNERの使い方です。今回はいよいよ本体のスクリプトを実行していきます。環境構築とBBT_input.txtファイルの作成はしてあるものとします。やり方は前２回の記事でまとめています。 DNA Encoded Lib…

オープンソースツールのeDESIGNERの使い方を書いていきます。今回は、eDESIGNERで使う試薬(Building Block, BB)ファイルはどのような形で用意すれば良いかという所までを扱います。

DNA Encoded Library (DEL)用のOSSであるeDESIGNERの使い方を紹介します。準備編として、概要の紹介と環境構築を扱います。

統計検定２級の試験を受けたので、その受験記です。勉強に使った参考書、勉強法、かかった時間などをまとめておきます。 受けようと思った動機 統計検定とは 統計検定2級 勉強方法 前提知識 導入書1~2時間 統計WEBの統計学の時間を通読~30時間 過去問を解い…

もう半年ほど経過してしまったのですが、タイトル通りG検定なるもの受けました。記録のために受験記を残しておくのも良いかなと思い立ち、筆を取った(パソコンだけど)次第です。なぜ受けようと思ったかの動機から、勉強に使った参考書、勉強法などをまとめて…

新型コロナウイルスの影響で在宅勤務になっている方も多いのではないでしょうか。かくいう私も在宅勤務が基本となって9ヶ月が経過しました。普段の仕事では職場のマシンやサーバーでプログラミングしたり、GPUに計算投げたり、シミュレーションしたりしてま…

はじめましてtky_cowと申します。某内資系製薬企業で研究職をしています。技術メモ的な内容を書き記していけたらなと思いブログを開設してみました。初の記事はタイトルの通りなのですが、非常にニッチな内容ですね笑。まあ気にせず行きましょう。 RDKitの記…