以前DELの総説的なウェビナーがあるということを教えてもらったのですが、遅ればせながら見てみました。ウェビナー自体は2021年にNIH主催で開催されたもので、動画のアーカイブが公開されています。二年ほど前の内容になりますが、分野の第一人者や経験豊富…

論文や特許に記載されている、パブリックなデータを使って何らかの検証やソフトウェアのデモなどを行いことがあるかと思います。私自身も先日そのような状況に遭遇し、とある文献をピックアップしました。SAR表に書かれている構造式を全て書き起こすのは流石…

前回までの記事では、eDESIGNERというオープンソースのツールを使って、DELのデザインを行ってきました。しかし、実際にデザインしたDELにどのような構造の化合物が含まれているかは確認できていませんでした。一つのDELでも数千万〜数億の構造を含むことも…

前回まででeDESIGNERのメインの機能は使い終わりましたが、全スクリプトの半分ほどしか使っていませんでした。他のスクリプトはどんな機能があるのか見ていきましょう。 e_bb_retriever.py sample_generator.py bbt_analyzer.py lib_bb_analyzer.py incompat…

前回までに引き続き、オープンソースのDELツールであるeDESIGNERの使い方です。今回はいよいよ本体のスクリプトを実行していきます。環境構築とBBT_input.txtファイルの作成はしてあるものとします。やり方は前２回の記事でまとめています。 DNA Encoded Lib…

オープンソースツールのeDESIGNERの使い方を書いていきます。今回は、eDESIGNERで使う試薬(Building Block, BB)ファイルはどのような形で用意すれば良いかという所までを扱います。